秘书处事基金会常设机构，分设有行政部和财务部。其主要任务是：建章立制，落实理事会的工作目标。协助理事会领导及时掌握情况，进行调查研究，提出工作建议，协调各方面工作关系，处理基金会日常事务，积极协调解决理事在实际中的一些疑难问题。其工作职责是：
一、负责基金会发展规划、工作计划、工作总结、规章制度及《公益慈善简报》等综合性文件材料的起草。
二、负责基金会理事会及基金会常开的其他主要会议的组织和服务工作。
三、负责联系各理事，布置落实基金会委托交办的各项工作；根据基金会领导的指示，检查督促各项决议、决定的贯彻落实情况。
四、负责做好基金会善款的收集和项目的开展及款物的发放工作。
五、负责协调开展各类各项信息服务和业务培训工作。
六、负责协调开展各类交流活动，组织举办专题讲座、研讨会等活动。
七、负责基金会的编制申报和人力资源工作。
八、负责基金会文件的收发、登记、批办、传递、收档、保管及印鉴管理、档案管理、办公自动化和保密工作。
九、负责基金会有关党务方面的工作和思想政治工作。
十、完成基金会理事会交办的其他工作。
